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為嚴格落實最嚴格的水資源管理制度，海南目前已建立水源地水質例行監測制度，監測范圍涵蓋除三沙市外18個市縣的城市、鎮和村三級飲用水源地保護區。

全省各級環境監測站對27個縣城以上城市(鎮)集中式飲用水源地保護區，每月監測一次；對195個典型鄉鎮和農村集中式飲用水源地，每半年監測一次；同時在官網等公共平臺定期發布水質監測月報，及時掌握全省集中式飲用水源地水質狀況。

加強水源地風險和應急管理，是海南一大亮點。目前，海南已建立城鎮重要水源地名錄和年度評估制度，并根據制度要求開展了全省29個城鎮水源地的水質狀況和環境管理情況評估。全省各市縣均建立了水源地突發事件預警和應急管理制度。

海南通過編制水源地應急預案，儲備應對水源地重大突發污染事件的物資和技術及防護工程設施，并定期開展應急演練，有效防范水源地突發環境事件。同時，海口、三亞、儋州等11個有條件的市縣，根據當地區域環境優勢，建設了備用水源和完備的供水系統，保障廣大人民群眾飲水安全。

為有效提供流域環境保護決策，海南啟動了“流域生態健康評估”項目，對南渡江、昌化江、萬泉河三大流域，以及水生態環境問題突出的文瀾江、文教河流域，進行全面的調查和評估，及時全面掌握了全省重要流域水生態環境的生態健康狀況和主要壓力來源。

海南省生態環境保護廳數據顯示，工業源廢水排放量占全省排放總量的18.7%。為加強工業水污染防治，海南積極調整和優化產業結構，合理進行工業布局，集中控制污染源；積極發展循環經濟，促進廢水循環利用；推廣節水型生產工藝，提高工業用水重復利用率；大力推行清潔生產，實行污染全過程控制。